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1、党政办公机构
    党政综合办公室、研究生工作组、本科生工作组、团委、工会。

2、教学科研基层组织:
    自然地理与环境变化研究所、地貌与第四纪地质研究所、新生代沉积与环境研究所、气候变化与应对研究所、地球系统科学研究所、冰川与生态地理研究所、人文地理研究所、遥感与GIS研究所、环境科学研究所、环境工程研究所、水文与水资源研究所、人类与自然耦合系统研究所

3、其它挂靠/附属机构:
    西部环境教育部重点实验室、甘肃省环境污染预警与控制重点实验室(培育基地)、环境地学实验教学中心、基础科学人才培养基地

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